Відділ епідеміологічного нагляду (спостереження) та профілактики інфекційних хвороб
Відділ антибіотикорезистентності та інфекційного контролю
Відділ епідеміологічного нагляду (спостереження) та профілактики неінфекційних хвороб
Відділ імунопрофілактики
Відділ моніторингу та реагування на небезпеки
Санітарно-карантинний відділ
Відділ комунікації та інформаційно-роз’яснювальної роботи
Відділ промоції здорового способу життя
Відділ дослідження біологічних факторів
Відділ дослідження фізичних та хімічних факторів
Лабораторія дослідження фізичних та хімічних факторів
Лабораторія молекулярно-генетичних досліджень та вірусології
Лабораторія серологічних досліджень
Лабораторія мікробіологічних досліджень
Лабораторія особливо небезпечних інфекцій
Лінійний відділ
Відділ правового забезпечення
Відділ бухгалтерського обліку та звітності
Відділ кадрового забезпечення
Відділ організаційного забезпечення та діловодства
Господарський відділ